Mot slutten av den andre verdenskrig brant - antageligvis etter påtenning - mottakelseshallen og båthuset helt ned. Tilbake stod de tre sidebygningene.

Kongsnæsområdet lå nå på grenselinjen mellom den amerikanske sektoren i Berlin og den russiske besetningssonen. Berlinmuren, som ble bygd i august 1961 gikk tvers over grunnmuren til mottakelseshallen. I 28 år var området ikke tilgjengelig hverken fra Berlin eller Potsdam.